Lekára Jessenia kat potrestal za jeho službu povstaniu

Katova práca bola dôkladná. Najprv Jesseniovi podľa rozsudku vyrezal jazyk, potom odťal hlavu, a tá s hlavami iných odsúdených skončila nastoknutá na kole. Hlavy zostali na Staromestskom námestí vystavené ako odstrašujúci príklad až do príchodu protestantských švédskych vojsk, ktoré počas tridsaťročnej vojny načas vytlačili Habsburgovcov z veľkej časti Čiech.

Nádeje Čechov úplne zmaril vestsfálsky mier v roku 1648. Protestantská Európa obetovala Čechy v mene rovnováhy síl na kontinente. Habsburgovci triumfovali a pre Čechov sa začala "doba temna". Z domova musel odísť ďalší významný vedec Jan Amos Komenský.

Popravených 27 predákov českých stavov pánov, rytierov a mešťanov, za ktorých bol popravený práve aj Ján Jessenius - malo reprezentovať dôležité vrstvy spoločnosti, ktoré povstali v roku 1618 proti cisárovi, zvolili nového českého kráľa Fridricha Falckého a dúfali v medzinárodnú pomoc.

Avšak pomalosť protestantskej Európy, ale najmä totálna neschopnosť samotného odboja viedli k prehre na Bielej hore, ktorú historici vojensky hodnotia skôr ako bezvýznamnú šarvátku. Politicky však naplno odhalila neschopnosť predstaviteľov stavov. Fridrich Falcký utiekol z krajiny a nový človek Habsburgovcov Albrecht Valdštejn dokončil v Prahe dielo skazy, hoci predtým sám koketoval aj s protestantským odbojom.

Spoločenské angažovanie sa v odboji Jessenius považoval za nevyhnutnosť. Ako rektor univerzity vedel, že Habsburgovci vo svojej zadubenosti, reprezentovanej Matejom a potom Ferdinandom II., budú brániť rozvoju vedy a najmä anatómie, bez ktorej neboli možné pokroky v medicíne. Pitva však prekážala najmä cirkvi, ktorá v nej videla ruku diablovu a inkvizícia posielala za takýto počin na hranicu. Protestanti boli k vede o niečo miernejší, a preto protestantská orientácia pomáhala v jej rozvoji.

Svoj postup pri verejnej pitve Jessenius vydal aj knižne v diele Anatomiae Praggae... Je síce viac popisné ako odborné, ale predsa vo svojej dobe zlomové. Niektorí odborníci tvrdia, že Jesseniovi išlo viac o prestíž Karlovej univerzity ako o čisto vedeckú záležitosť. Tak či onak, bol to odvážny a objavný prvok v prístupe k vedeckej práci. Potom sa už Jessenius angažoval spoločensky a politicky, aj napriek osobnej tragédii, keď počas morovej epidémie stratil manželku. Hoci sa mu ju takmer podarilo vyliečiť, stala sa obeťou mašinérie odvozu slabých a ich izolovania. Pred českým snemom Jessenius obhajoval potrebu vzdelávania, snažil sa o nej presvedčiť aj Uhorský snem. Česi rokovali dlho o spojenectve proti Habsburgom s Gabrielom Bethlenom, hlavou uhorského odboja proti cisárovi. Vyslancom českých stavov bol práve Jessenius. Sedmohradské knieža si však nakoniec vybral prímerie s cisárom. Česi zaplatili za porážku odboja najviac, doba temna znamenala koniec českej štátnosti - úrady sa centralizovali do Viedne a stavovská monarchia sa premenila na absolutistickú. Karlova univerzita utrpela príchodom jezuitov. Univerzitu sa pokúsil reformovať až cisár Josef II. Snažil sa odstrániť vplyv cirkvi na fakulty a zmodernizovať výskum, čím vlastne napĺňal sen Jána Jessenia.